Сучасна Херсонська єпархія Православної Церкви України постала у 1997 році. Важливою точкою відліку, яка зумовила подальший хід історії і розвитку єпархії, стало приєднання Стрітенської громади до Української Православної Церкви Київського Патріархату.

Драматична передісторія цього приєднання була пов’язана з особистістю керуючого на той час Херсонською єпархією УПЦ (МП) архієпископа Іларіона (Шукало) і його діями, через які всі священнослужителі Стрітенського храму разом з громадою вийшли зі складу УПЦ МП.

Справа в тому, що громада вирішила у богослужінні використовувати, зокрема, переклад молитов сучасною мовою, і адаптацію літургії Іоанна Золотоустого для дітей.

За все це громаді довелося пройти непрості часи випробувань. Попри те, що всі ці богослужбові правки здійснювалися з великим благоговінням і обережністю, щоб не погрішити проти духу православної традиції, а багато з «нововведень», які відбулися тоді в Стрітенському соборі Херсона, нині широко практикуються і в більшості храмів Московського Патріархату.

По приєднанні Стрітенської громади до Української Православної Церкви Київського Патріархату, а саме 30 вересня 1997 року, було прийняте рішення і про заснування Херсонської єпархії, виокремивши до її складу парафії, що раніше входити до Миколаївсько-Херсонської єпархії.

Єпископом Херсонським і Таврійським було визначено бути протоієрею Петру Замараєву після постригу його у ченці і архієрейської хіротонії. 19 жовтня 1997 року за недільною Божественною літургією у Київському патріаршому соборі рівноапостольного великого князя Володимира Святішим Філаретом, Патріархом Київським і всієї Руси-України із собором єпископів, ієромонах Даміан (Замараєв) був хіротонізований у єпископа для міста Херсона і області.

З благословення Предстоятеля Церкви Святішого Патріарха Філарета кафедральним собором був визначений храм Стрітення Господнього. Тут і відкрилося Херсонське єпархіальне управління. 

З цього часу починається розбудова нової єпархії.

15 грудня 2018 року відбулася історична подія – Помісний Об’єднавчий собор Православної Церкви України.

Того ж дня, перед проведенням Помісного Об’єднавчого Собору, було також проведено Помісний Собор Української Православної Церкви Київського Патріархату, яким прийнято рішення про припинення діяльності Української Православної Церкви Київського Патріархату шляхом об’єднання та приєднання до утворюваної Православної Церкви України. Чинність Статуту про управління УПЦ КП і діяльність всіх статутних органів УПЦ КП були припинені і вся повнота Української Православної Церкви Київського Патріархату увійшла до складу новоствореної помісної автокефальної церкви – Православної Церкви України.

Також було вирішено всім єпархіальним архієреям УПЦ КП і керівникам релігійних організацій, які перебували у її складі, після утворення єдиної помісної автокефальної Православної Церкви України увійти до її складу шляхом внесення відповідних змін у статути релігійних організацій, не припиняючи їх статусу як юридичних осіб.

Рішенням Помісного Об’єднавчого Собору Православної Церкви України від 15 грудня 2018 року було утворено Православну Церкву України, затверджено її Статут, обрано Предстоятеля –Митрополита Київського і всієї України Епіфанія. 6 січня 2019 року Патріаршим та Синодальним томосом Православній Церкві України було надано автокефальний статус.

Нині Херсонська єпархія є невід’ємною складовою Православної Церкви України.

В травні 2019 року, у відповідності до цих реалій, успішно завершилася процедура перереєстрації Управління Херсонської єпархії Української Православної Церкви (Православної Церкви України).

21 серпня 2020 року під головуванням Блаженнішого Митрополита Київського і всієї України Епіфанія відбулося чергове засідання Священного Синоду Української Православної Церкви (Православної Церкви України), на якому керуючим Херсонською єпархією Української Православної Церкви (Православної Церкви України) було призначено єпископа Херсонського і Таврійського Никодима (Кулигіна).

Херсонська єпархія провадить активне соціальне і молодіжне служіння. Клірики і миряни єпархії трудяться на ниві християнського просвітництва і місіонерства